Co to je?
Hierarchické shlukování charakterizuje, jak podobné (nebo odlišné) jsou vzorky na základě celkového obrazu měření. Skupinami mohou být například pacienti a celkový obraz lze odvodit z proteinové exprese napříč širokým spektrem jednotlivých proteinů. Hierarchické shlukování analyzuje podobnost binárním způsobem začínaje jedním vzorkem.
Kdy se používá?
Tento test se provádí k roztřídění vzorků. Nemůžete diktovat, kolik klastrů je vytvořeno.
Hierarchické shlukování: Ukázkové otázky
Jak podobné jsou buněčné linie X, Y a Z na základě jejich profilu exprese?
Kolik podskupin rakoviny prsu existuje na základě profilu exprese?
Je profil exprese léčeného pacienta více podobný zdravému pacientovi nebo nemocnému pacientovi?
Jak to funguje?
Hierarchické shlukování používá k vytvoření dendrogramu klastru algoritmus, který ukazuje, jak se skupiny navzájem seskupují (obrázek 1). Na příkladu uvedeném na obrázku 1 jsou kroky vytvoření hierarchického klastru následující:
1. Exprese proteinu je pro každý protein u 8 pacientů centrována a poté „upravena“ s přihlédnutím k průměrné a standardní odchylce hodnot exprese (obrázek 2).
2. Vypočítá se euklidovská vzdálenost nebo nejbližší vzdálenost mezi dvěma datovými body na základě intenzity hodnot (např. proteinová odezva).
3. Dva nejbližší datové body jsou seskupeny dohromady a dále se s nimi zachází jako s jedním datovým bodem. Další dva nejbližší datové body jsou seskupeny dohromady atd. Takto to pokračuje, dokud nebudou všechny datové skupiny „sloučeny“ do jednoho klastru.
Obrázek 1: Hierarchický klastr zdravých a nemocných pacientů, kde červená představuje zvýšenou úroveň exprese a modrá sníženou úroveň exprese proteinu.
Obrázek 2: Příklad centrování a škálování dat. A) Úroveň exprese proteinu „X“ ve dvou souborech dat je B) centrována a C) škálována, takže všechny soubory dat mají průměr 0 a standardní odchylku 1.
Jak vypadají data?
Hierarchické shlukování vytváří 1) teplotní mapu s klastrovými dendrogramy (obrázek 1) a 2) tabulku uvádějící, které skupiny se spolu seskupují (tabulka zde není zobrazena).
(Převzato od společnosti RayBiotech, redakčně upraveno.)